La casa original fue construida en 1760, luego de que la ciudad fuera trasladada desde Ibatín. Allí vivió el matrimonio de Francisca Bazán con el comerciante español Miguel Laguna. Luego de la Batalla de Tucumán, librada el 24 de Septiembre de 1812, la casa fue utilizada como cuartel de las tropas. Entre 1815 y 1817, el gobierno revolucionario la alquiló para instalar la Aduana, las Cajas Generales y el Almacén de Guerra.
Entre 1839 y 1840, el inmueble cambió de propietarios y a fines de 1869 había entrado en decadencia. Ese año, el fotógrafo italiano Ángel Paganelli tomó la fotografía del primer patio de la casa, una postal histórica del viejo solar.
La reconstrucción en base a esa famosa foto comenzó en 1942 y el 24 de Septiembre de 1943 es reinaugurada.
La revalorización llegó en 1976, cuando el Gobierno de la provincia expropió los terrenos linderos y demolió todas las edificaciones. La restauración de las cubiertas se concretaron en 1993 y desde 2007 la calle que da acceso al Museo fue peatonalizada.
El Museo de la Independencia funciona allí desde 2016 y hoy cuenta con unas 650 piezas de patrimonio, 5.000 títulos de su biblioteca, 7.000 archivos fotográficos y unos 200 documentos históricos.