En 2014, el mundo de Independiente se vio sacudido por un caso que, años después, tendría un fallo judicial contundente. Alexis Zárate fue condenado en septiembre de 2017 a seis años y medio de prisión por abuso sexual agravado contra la pareja de su entonces compañero Martín Benítez, tras una salida nocturna. Aquella noche, ambos futbolistas habían asistido a un local bailable en Quilmes y luego regresaron al departamento de Zárate, en Wilde. Según se estableció en el juicio, la víctima se encontraba durmiendo junto a Benítez cuando el acusado ingresó a la habitación y cometió el abuso, provocando que ella se despertara y pidiera ayuda.
En primera instancia, la pena no fue de cumplimiento efectivo debido a la ausencia de antecedentes penales, pero la situación cambió cuando la Cámara de Casación dejó firme la condena. La Corte Suprema, integrada por Ricardo Lorenzetti, Juan Carlos Maqueda, Horacio Rosatti y Carlos Rosenkrantz, rechazó el recurso presentado por la defensa, y en julio de 2020 el exjugador fue trasladado a la Unidad Penal 19 de Saavedra, en el sur bonaerense.
Aunque debía permanecer detenido hasta principios de 2027, en enero de 2025 accedió a la libertad condicional, después de cumplir cinco años y un mes de prisión y demostrar buena conducta. Según él mismo relató en una entrevista radial, le resta un año y tres meses bajo este régimen. Actualmente trabaja en la fábrica de pastas de sus suegros, donde se ocupa de tareas variadas. "Hago un poco de todo, atiendo la caja, recibo a los proveedores y si tengo que hablar con un arquitecto para realizar una reforma o limpiar un depósito también lo hago", explicó.
Sobre sus días en prisión destacó que "tuve la chance de estudiar abogacía y aprobar el 92 % de las materias" y destacó que "el entrenamiento fue otro de mis pasatiempos en la cárcel".
Además contó que a sus 31 años realiza actualmente doble turno de entrenamiento diario con la ilusión de volver a tener un nuevo equipo en diciembre en busca de "una segunda oportunidad" de la mano de Gustavo Goñi, su representante quien "nunca me dejó de acompañar en todo este tiempo".























